Đây là thời kỳ Đại Việt lâm vào tình trạng khủng hoảng, kinh tế sa sút, đời sống nhân dân cực khổ, các thế lực phong kiến nổi lên giành quyền lực.

Nhà Mạc trị vì vào năm 1527, loạn chiến tranh Nam Bắc, rồi sự phân chia đàng trong đàng ngoài đã dẫn tới cảnh tiêu điều ở nông thôn Hà Nam. Năm 1771, ba anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ, Nguyễn Lữ cùng nhau dấy binh khởi nghĩa tại Tây Sơn. Ngày 17/12/1788, Tôn Sĩ Nghị chiếm đóng Thăng Long.

Ngày 22/12/1788 Nguyễn Huệ xuất quân ra Thăng Long. Ông chia thành 5 cánh quân tiến đánh. Đoàn quân Tây Sơn cùng nhân dân Hà Nam tiêu diệt cứ điểm Hoàng Anh (Thanh Liêm) đồn Nhật Tảo (Duy Tiên)… ngày nay một số địa danh ở Hà Nam vẫn còn tổ chức kỷ niệm chiến công lẫy lừng của Quang Trung.

Thời kỳ này mặc dù gặp nhiều khó khăn biến động song nghề thủ công cổ truyền vẫn được nhân dân các làng có nghề duy trì, phát triển… một số điểm buôn bán đã hình thành.

Tam Nguyên Yên Đổ Nguyễn Khuyến

Năm 1802, Nguyễn Ánh lên ngôi mở đầu vương triều Nguyễn, nhưng nền kinh tế của Hà Nam vẫn lâm vào cảnh đình đốn mặc dù buôn bán có phát triển, nhiều thợ giỏi của Hà Nam bị bắt đưa vào Huế phục vụ vua và Hoàng tộc. Về giáo dục, thi cử thì ở Hà Nam từ thế kỷ XVI đến cuối XIX có 42 người đỗ đại khoa như Lê Tung, Ng