Ngày 8/12/1994, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 3 Hội Liên hiệp Thanh niên Việt Nam (1994 – 1999) được triệu tập tại Hà Nội. Đó là sự kiện có ý nghĩa quan trọng đánh dấu sự lớn mạnh trong quá trình xây dựng và phát triển Hội. Đồng chí Tổng Bí thư Đỗ mười đến dự và huấn thị tại Đại hội: “Thanh niên có phát triển thì dân tộc mới trường tồn”.

Đại hội nhất trí thông qua Điều lệ mới và hiệp thương Ủy ban Trung ương Hội do Phó Tiến sĩ Hồ Đức Việt – Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đảng, Bí thư thứ nhất Trung ương Đoàn làm Chủ tịch, chị Trương Thị Mai giữ nhiệm vụ Phó Chủ tịch, kiêm Tổng Thư ký. Đại hội đã thông qua 5 chương trình công tác và 3 cuộc vận động lớn của Hội:

1. Chương trình Lập thân – lập nghiệp xây dựng đất nước phồn vinh.
2. Chương trình nâng cao dân trí, bồi dưỡng tài năng trẻ, phát triển văn hóa - thể dục thể thao.
3. Chương trình bảo vệ tổ quốc – giữ gìn an ninh trật tự.
4. Chương trình công tác xã hội và bảo vệ môi trường
5. Chương trình hợp tác hữu nghị với tuổi trẻ trong khu vực và trên thế giới.

Trong suốt chặng đường 5 năm (1999 – 2004), công tác Hội và phong trào thanh niên nước ta thực sự có bước phát triển mới trong việc triển khai các chương trình Đại hội với sự chỉ đạo sát sao, có điều chỉnh về nội dung và mở rộng các cuộc vận động gắn với chương trình như cuộc vận động tiết kiệm và tích luỹ xây dựng nông thôn mới; chống mù chữ, chống thất học; hiến máu nhân đạo,…

Kể từ khi ra đời (1986), trong suốt gần 10 năm đổi mới, báo Thanh niên (diễn đàn của Hội LHTN Việt Nam không những là phương tiện vận động và tập hợp thanh niên hữu hiệu, mà còn là diễn đàn để tuổi trẻ học tập, công tác, nâng cao kiến thức và cập nhật thông tin.